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Soladis
SME
Unknown
CDI
Lyon, France ou Paris, France
Unknown
October 14, 2020

Bioinformatician OMICs

Company description

Soladis est une société d’étude et conseil spécialisée dans la donnée fondée en 2000, basée à Lyon, Paris, Lille, Sophia-Antipolis (FR), Bâle (CH) et Boston (US).

La société est aujourd’hui divisée en plusieurs équipes aux expertises complémentaires et travaillant conjointement sur des projets clients :

- SOLADIS STATISTICS, département spécialisé dans le dévleoppement de méthodologies analytiques et dans l'analyse statistique et biostatistique,

- SOLADIS OMICS, sous-département spécialisé dans la conduite de projets omics (bioinformatique, biostatistiques, bioanalyse),

- SOLADIS CLINICAL STUDIES, département lié à la conception et à la conduite d'études cliniques,

- SOLADIS DIGITAL, département dédié aux sujets Big Data (algorithmie, machine learning,…) et à la digitalisation,

- SOLADIS CONNECT, sous-département spécialisé dans les technologies de la mesure (IoT, capteurs,…),

- SOLADIS INSTITUTE, centre de formation de Soladis.

Soladis intervient en conseil extérieur, en appui des équipes de partenaires, ou via des sessions de formation.

Job description

Le ou la candidat(e) devra :

-          Effectuer et superviser le traitement bio-informatique des données NGS type DNA-Seq, RNA-seq, Single Cell ;

-          Mettre en place et exécuter les pipelines bio-informatiques ;

-          Développer les scripts R et RShiny nécessaires à l’analyse des données génomiques et transcriptomiques ;

-          Effectuer et être force de proposition sur les analyses bio-informatiques des projets (analyses différentielles, comparaisons de séquences, analyses fonctionnelles…) ;

-          Savoir accéder et manipuler les données NGS générées en interne, issues de la littérature ou provenant de bases de données publiques classiques et spécialisées (UniProt, TCGA, CCLE…) ; 

-          Assurer l’intégrité des données et leur qualité ;

-          Communiquer et vulgariser l’information (rédaction de rapports scientifiques, présentations d’équipe).

Desired profile

Vous justifiez d'un parcours type PhD / Master en Bio-informatique et d’une expérience dans l’analyse de données NGS.

Vous maîtrisez des applications/bases de données et analyses bio-informatiques / bio-statistiques dédiées à la génomique et transcriptomique.

Vous maîtrisez le langage de programmation Python, R/RShiny et de scripts bash / shell.

Vous avez travaillé avec un environnement UNIX dans un cluster de calcul intensif.

Doté d'un bon relationnel, vous avez des capacités reconnues de vulgarisation et de communication. Vous aimez le travail en équipe et avez une bonne capacité à interagir et transmettre vos connaissances à des interlocuteurs ayant des métiers très différents (biologistes, bio-informaticiens, statisticiens).

Vous êtes organisé(e), rigoureux(se), possédez un bon esprit de synthèse. Une qualité rédactionnelle est requise. Niveau courant d'anglais obligatoire pour la compréhension et la rédaction de la documentation.